La historia comienza cuando el profesor Utonio (Utonium) hace un experimento tratando de que saliera una niñita perfecta porque se sentía muy solo en su casa y con la misma se convertiría en un bello hogar a las afueras de Saltadilla (en la versión española y en la original, Townsville), pero por error agrega "la sustancia x", y la mezcla con los demás ingredientes de la fórmula lo que produce una explosión y logra como resultado tres niñas con poderes especiales, con los nombres de (la versión mexicana) Bombón, Burbuja y Bellota.
Ellas se convierten en las nuevas heroínas de Saltadilla y combaten el crimen a diario para salvar a la ciudad siendo llamadas por el despistado alcalde o por su bella secretaria, la Señorita Belo (en la versión mexicana).
Por ello han de enfrentarse a delincuentes y malvados de todo tipo, entre ellos su archienemigo Mojo-jojo. En un capítulo se revela la verdad sobre el origen de este: Mojo-Jojo era un mono común, mascota del Profesor. El día que Utonio estaba tratando de crear a la niñita perfecta, Mojo-Jojo rompió el frasco que contenía la Sustancia X, lo cual derivó en la creación de las Chicas Superpoderosas. Producto de la explosión originada al nacer las chicas por el efecto de la Sustancia X, su cerebro se desarrolló en gran medida. Se convirtió en un malvado porque el Profesor Utonio le prestaba menos atención.
